Viện hoạt động tại Việt Nam nhằm đẩy mạnh quá trình quản lý rừng bền vững tại các địa phương; hỗ trợ các khu vực trọng điểm rừng quốc gia xây dựng các tiêu chuẩn rừng được quốc tế công nhận trước khi các sản phẩm rừng Việt Nam được chế biến thương mại.

Theo Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hứa Đức Nhị, từ năm 1995 đến nay, thông qua các dự án quốc gia trồng rừng 327, 661, trên 3 triệu ha rừng đã được hồi phục. Tuy nhiên, đó chỉ là số lượng, nếu rừng không được quản lý bền vững thì việc mất rừng tiếp diễn song song với phục hồi rừng và các chức năng phòng hộ môi trường, xoá đói giảm nghèo, cung cấp lâm sản... không thể phát huy. Do đó, quản lý rừng bền vững hiện nay là nhiệm vụ cấp bách toàn cầu, cũng như mục tiêu trọng tâm của Chiến lược Lâm nghiệp quốc gia 2006-2020.

 Hướng tới mục tiêu khoảng 30% diện tích rừng quốc gia hiện có sẽ nhận chứng chỉ rừng FSC của Hội đồng Quản trị rừng thế giới vào năm 2020, Viện Quản lý rừng bền vững và Chứng chỉ rừng đã xây dựng 5 chương trình hoạt động chủ yếu từ nay đến hết năm 2010, trong đó chú trọng hoàn chỉnh bộ tiêu chuẩn quốc gia về quản lý rừng bền vững phù hợp với quy định của FSC để hướng dẫn các tỉnh, thành phố nhiều rừng triển khai; tăng cường hợp tác quốc tế với khối ASEAN để kêu gọi đầu tư, hỗ trợ, chuyển giao công nghệ sản xuất rừng đạt chứng chỉ FSC. Theo Viện, các quốc gia ASEAN có nền lâm nghiệp mạnh như Inđônêsia, Malaysia... đạt chứng chỉ rừng quốc tế đạt kim ngạch xuất khẩu gỗ bình quân mỗi năm trên dưới 5 tỷ USD. Tháng 4/2006, Việt Nam đã bắt đầu xin cấp chứng chỉ rừng của FSC.